Inicios.
El comienzo de la historia del Deportivo Pasto se remonta al año 1949. Su origen data de las oficinas de Bavaria en la capital de Nariño. El primer nombre del club fue "Club Deportivo Pasto", luego que fuera rechazado el nombre de "Oro Rojo".

En las décadas de los años 1950 y 1960, el club fue semiprofesional, pero solamente hasta 1995 surgió la iniciativa por parte de los dirigentes para que el club ascendiera a la Primera C, con un grupo de jugadores juveniles.

Aparición en la Primera B A pesar que Deportivo Pasto nunca fue campeón de la Primera C, luego de la gestión política realizada por Antonio Navarro Wolff y otros dirigentes, el club fue ascendido por invitación para jugar la Primera B en la denominada "Copa Concasa 1996-97", donde quedó en el tercer lugar detrás del ascendido Deportivo Unicosta y el subcampeón Lanceros Boyacá.

1998: la campaña del ascenso. En la "Copa Águila", como fue denominado el torneo de segunda división en 1998, Deportivo Pasto arrasó con sus rivales, luego de ganar la reclasificación del año con 61 puntos. En el primer cuadrangular semifinal Pasto fue primero con 11.5 puntos, y en el cuadrangular final se coronó campeón en Cartagena, a pesar de perder 3-2 con Real Cartagena. Por aquel entonces, en la nómina de Deportivo Pasto estaban jugadores como Julio Romaña, Jorge Ambuila, Carlos Rendón y John Charria, bajo el mando técnico de Félix Valverde Quiñónez.

1999: Primer Año en Primera División. En su debut en la máxima categoría del Fútbol Profesional Colombiano, el equipo logró mantenerse en primera división y además se clasificó por primera vez a los cuadrangulares semifinales. En los Cuadrangulares el equipo pagó cara su inexperiencia ganando un sólo punto en seis partidos.

Subcampeonato 2002
Dos años después de ver peligrar su puesto en la primera división (penúltimo en el año 2000 ), bajo el mando de Néstor Otero, Deportivo Pasto llegó a su primera final en la historia del Fútbol Profesional Colombiano. En el Apertura 2002, Pasto fue quinto, pero en el Finalización, clasificó segundo, con 36 puntos, a los cuadrangulares semifinales, donde enfrentó, y superó a América de Cali, Unión Magdalena, y a Atlético Nacional.

La gran final enfrentó a Pasto con Independiente Medellín. El primer partido, el 18 de diciembre, lo ganó el "Poderoso de la Montaña" 2-0, y en el juego de vuelta, disputado el día 22, Pasto no pudo revertir la situación y empató 1-1, lo cual le dio a Medellín el título del Torneo Finalización, 43 años después de no ganar nada.

No obstante, el conjunto "Pastuso" fue segundo de la reclasificación del año con 70 puntos, lo cual le dio a Deportivo Pasto un cupo a la Copa Sudamericana 2003. En el equipo subcampeón hicieron parte, entre otros, Jairo "El Viejo" Patiño, Dúmar Rueda, Walter Escobar, Carlos Rendón, Oscar Upegui, Oscar Galvis y Pablo Jaramillo, entre otros, dirigidos por Néstor Otero.

Copa Sudamericana 2003
Néstor Otero siguió como técnico del club. No obstante, la participación de Pasto en el torneo internacional fue efímera, ya que en la primera fase enfrentó a Atlético Nacional de Medellín, club con el que cayó eliminado.

El juego de ida, disputado en el Estadio Departamental Libertad, quedó 0-0, el 6 de agosto. Ya en Antioquia, Nacional venció a Pasto 2-1 el día 21. Leonardo Enciso abrió la cuenta para Pasto, al minuto nueve. Pero Aquivaldo Mosquera (36) y Elkin Calle (46), sentenciaron la eliminación pastusa de su primer torneo internacional.

Primer título
La tan anhelada primera estrella del Pasto llegó en el Torneo Apertura 2006, para el cual el argentino Óscar Héctor Quintabani fue el director técnico. Pasto clasificó octavo en la fase de todos contra todos, por lo cual no fue candidato para llevarse la corona.

En el cuadrangular semifinal B, Pasto eliminó al recién ascendido Cúcuta Deportivo, y a dos históricos del fútbol colombiano Atlético Nacional y Millonarios, para disputar la gran final frente a Deportivo Cali.

El juego de ida, disputado en el Estadio Olímpico Pascual Guerrero, favoreció a Pasto por la mínima diferencia, con gol de Villagra al minuto 75. La vuelta, jugada el 25 de junio quedó 1-1 con goles de Jorge Hernando Vidal al minuto 59 y el empate caleño, obra de Anthony Tapia al minuto 78.

Copa Libertadores 2007
Luego de ser campeón del Torneo Apertura 2006 del Fútbol Profesional Colombiano, Deportivo Pasto logró acceder a la Copa Libertadores 2007, siendo la primera participación en este certamen. En el Grupo 8 del certamen no logró ningún punto, ocupó el último lugar detrás de Santos (Brasil), Defensor Sporting (Uruguay) y Gimnasia y Esgrima La Plata (Argentina). Y quedando penúltimo en la Tabla General, por delante del Alianza Lima de Perú.

Descenso en 2009  
Debido al último lugar en la tabla de promedio para el descenso 2009, la cual suma los últimos tres años del equipo en el campeonato, el Deportivo Pasto regresa para jugar en la Segunda División del fútbol colombiano, el campeonato de la Primera B. El descenso se consumó el 8 de noviembre de 2009, luego que los dirigidos por Jorge Luis Bernal cayeran 0-1 frente a Santa Fe.

Los tres puntos que sentenciaron el descenso del Pasto fueron determinados por la comisión disciplinaria de la División Mayor del Fútbol Colombiano al aplicarse el artículo 83 del reglamento en el partido que ganaba pasto 1-0 sobre Real Cartagena. Esto se debió a que el árbitro Óscar Ruiz suspendió el partido por falta de garantías al minuto 91 luego que fuera agredido el juez de línea Alejandro Gallego presuntamente con una botella enviada desde las tribunas del Estadio Departamental Libertad. El comité determinó la pérdida de los puntos del Pasto y el marcador favorable a Cartagena de 3-0, pese a los reclamos de la directiva de Pasto que alegó que el juez de línea simuló la agresión.